Pod kierownictwem i nadzorem Zastępcy Prezesa, Pana Dariusza Szewczyka, pozostają następujące komórki organizacyjne:

1) Departament Infrastruktury Nowoczesnej Gospodarki,
2) Departament Projektów Infrastrukturalnych,
3) Departament Wsparcia Instytucji Otoczenia Biznesu,
4) Departament Rozwoju Instytucji Otoczenia Biznesu,
5) Departament Rozwoju Kapitału Ludzkiego.

Pan Dariusz Szewczyk koordynuje zadania Agencji w zakresie Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej realizowanych przez różne komórki organizacyjne oraz koordynuje zadania Agencji w zakresie Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki realizowane przez różne komurki organizacyjne, w szczególnosci w zakresie raportowania o nieprawidłowościach i sprawozdawczosci, z wyłączeniem zadań Agencji jako instytucji pośredniczącej II stopnia zwiazanych z monitorowaniem, rozliczaniem, sprawozdawczością i kontrolą projektów systemowych realizowanych w Agencji.